Alcuni vecchi compagni della Resistenza di Kira giungono alla stazione per indagare su un crimine. Sono Fala (Jennifer Salvidge), Furel (William Lucking) e Lupaza (Diane Salinger). Un altro loro comune amico, un personaggio di nome Latha, è stato assassinato in chiesa all’inizio dell’episodio, con l’assassino che ha inviato un messaggio in codice, dando inizio a un conto alla rovescia grottesco. “Questo è uno”, dice l’assassino. Kira e i suoi compatrioti sono nervosi e non sanno chi li vuole morti. L’assassino ucciderà almeno altri due personaggi prima della fine dell’episodio.
Il grosso di “L’oscurità e la luce” è un’entusiasmante indagine su un omicidio condotta dal capo della sicurezza Odo (René Auberjonois) e coinvolge la crescente paura e paranoia di Kira nei confronti dei potenziali sospetti. L’episodio ha un tono cupo, con la violenza bellica di Kira sempre in agguato dietro ogni conversazione. Kira si sentiva completamente giustificata nei suoi atti violenti durante la guerra, ma “L’oscurità e la luce” rivela che gli altri potrebbero non essere in grado di simpatizzare con il suo senso di risolutezza. Alla fine, Kira diventa impaziente con le indagini e ruba un elenco privato di sospetti a Odo in modo che possa affrontare lei stessa l’assassino.
Scopre che l’assassino è un Cardassiano di nome Silaran Prin (Randy Oglesby), un uomo con una grande cicatrice sul viso. Sembra che Prin sia rimasto ferito in una bomba piazzata dalla Resistenza durante l’Occupazione e si sia preso la responsabilità di uccidere i responsabili di averlo sfregiato e di aver ucciso la sua famiglia. Kira sostiene che fosse una guerra e che il suo obiettivo fosse uccidere i Cardassiani. Prin rivela, tuttavia, che non era un soldato ma un semplice civile che lavorava semplicemente come riciclatore nella casa che aveva bombardato. Non era violento finché i Bajoriani non lo hanno reso tale.