Sembra che la sceneggiatura originale di de Haas contenesse l’idea di base per “Crisi d’identità” – i membri dell’equipaggio dell’Enterprise si trasformano lentamente in un’altra specie – ma che la struttura fosse completamente diversa. Brannon Braga è stato accreditato come scrittore dell’episodio, e ha eliminato una sottotrama su Geordi e Leijten che avevano una storia d’amore in fase di stallo. Braga ha rimosso la sottotrama romantica quando si è reso conto di quante storie d’amore in fase di stallo Geordi aveva già attraversato.
Secondo Piller, Geordi non era nemmeno il protagonista originale. De Haas aveva previsto che le mutazioni avvenissero su diversi personaggi completamente nuovi. A Piller evidentemente piacevano le idee di de Haas, ma aveva bisogno di rimodellare la sceneggiatura in qualcosa di più in linea con lo stile tradizionale dello spettacolo. Piller ha spiegato:
“Era una sceneggiatura molto difficile da risolvere. […] La sceneggiatura è stata originariamente acquistata come sceneggiatura specifica inviata da un fan, era molto pesante dal punto di vista e [contained] accorgimenti stilistici che non volevamo realizzare. La sceneggiatura originale prevedeva due personaggi non di Star Trek che attraversavano ciò che Geordi e [Leijten] alla fine è passato. È stata una produzione molto complicata e complessa sulla quale il regista ha fatto un lavoro eccezionale. C’erano scene dentro le scene ed ero molto contento dello spettacolo.”
Le “scene nelle scene” si riferiscono a una sequenza in cui Geordi ricrea un vecchio registro video sul ponte ologrammi, permettendogli di interagire con una versione olografica di se stesso leggermente più giovane.
Quando Braga riscrisse la sceneggiatura di de Haas, rese anche la storia molto più oscura, lasciando intendere che gli alieni mutanti avevano preso il controllo di più corpi umani di quanto si pensasse in precedenza. Braga riconsiderò l’idea e consegnò una bozza finale con solo pochi alieni mutanti. Alla fine ha anche reso Geordi il protagonista della storia. “Quei ragazzi della produzione possono davvero realizzare un prodotto infernale”, ha aggiunto Piller.